咖啡豆從加工方式的區分來看可分爲水洗式和乾燥式。
水洗式，即將剛收成的果實放入流動的水槽，讓果實進行分層，除去浮在水面上的果實之後，以果肉去除機剝除外皮和果肉。再放入水槽，將浮出的果肉去除。之後，移入發酵槽，浸泡半天至一天，再將發酵的咖啡豆表面上的膠質溶掉。再以水洗，曬乾或以機器乾燥之，最後用脫殼機將內果皮去除，即成爲作爲商派的生咖啡豆。
水洗式的咖啡豆較以乾燥式而得的咖啡豆，色澤較美，且雜誌也較少。哥倫比亞、墨西哥、危地馬拉等過產量的70%都採用這一方法。
乾燥式方法比較簡單。首先，將剛摘下的果實廣佈在曬場上一兩個星期，直到果實發出噼叭的聲音爲止，自然乾燥之後，以脫殼機將幹掉的果肉、內果皮和銀皮去除。
以這種方式精緻、、精製而成的咖啡豆，呈微酸而略有苦味。幾乎所有的巴西、埃塞俄比亞、也門的咖啡豆採用此法制成。
