(一)改善生態環境栽培房棚要選擇在近河流、空氣流暢、四周寬闊，遠離禽畜飼養場、釀造廠及生活區、醫院至少3000米以外；場地採取翻土、曬白、灌水等措施取代農藥消毒；水源水質清淨無污染，嚴禁污水噴菇、浸洗。
(二)提倡生物防治培養料配製可採用植物抑黴劑和植物農藥，如中藥材紫蘇、菊科植物除蟲菊、酯類農藥、木本油料植物菜籽餅等均可製成植物農藥殺蟲、治蟎。還可以採用壯菇抑蟲，從菌種選育、培養料配比、堆料發酵、接種發菌、出菇管理各個環節嚴格把關入手，減少病蟲害，育壯菇體增強自身抗病抵害能力。此外還可以採取特異性菇類輪間作，如竹蓀有一股濃香味，蚊蟲聞而生畏，採用菇、蓀交替輪作也有利防蟲。
(三)實行物理防治接種室、發菌室、超淨工作臺等，採用30瓦紫外線燈照射消毒殺菌；也可採用電子臭氧滅菌器消毒殺菌。栽培房採用黑光燈誘殺菇蚊、蠅、葉蟬等昆蟲。菇房(棚)門窗安裝防蟲網、紗窗等。
(四)嚴格科學用藥堅持以防爲主，在確定需要使用化學農藥時，必須選用高效低毒、低殘留的藥劑。如敵百蟲、辛硫磷、克蟎特、銳勁特、甲基託布津、甲霜靈等。用藥應在沒出菇或每批菇採收後進行，並注意少量、局部施用，防止擴大污染。嚴禁在長菇期噴灑農藥，禁止在菇類生產過程中使用甲胺磷、甲基1605、1059、久效磷、水胺硫磷、殺蟲脒、氧化樂果、毒殺酚等一切汞制農藥及其他高毒、高殘留農藥。
(五)產品加工符合標準食用菌產品常因加工過程引起含硫量超標，爲此必須全面推廣精密度好的機械進行脫水烘乾。菇品包裝必須符合國家衛生標準：GB7096～86幹食用菌衛生標準，GB7097～86鮮食用菌衛生標準，及GB9691～88食品包裝衛生標準。
