只能採用輪作的方式減少病害。
油菜菌核病可用40%菌核淨可溼性粉劑1000-1500倍液噴打1-2次，或者50%多菌靈粉劑500倍液噴打2-3次。油菜防治菌核病時可實行稻油輪作，連種時間不能超過2年，選用抗病品種種植，播種前種子用10%鹽水選種，肥。
油菜菌核病防治需實行稻油輪作，連種時間不能超過2年，選用抗病品種種植，播種前種子用10%鹽水選種，肥料使用酵素菌漚制的堆肥或腐熟有機肥，在盛花期用38%惡霜菌酯水劑800倍液、30%甲霜惡黴靈2000倍液等進行防治，開花後期及時摘除老黃病葉。
可用50%氯溴異氰尿酸可溶粉劑1000-1500倍液進行噴霧。
首先選擇抗病品種，加強田間管理，結合藥物防治。
油菜菌核病的治理策略是以種植抗（耐）病品種爲基礎，結合清除菌源、改進栽培管理措施、適時化學防治。
菌核病防治方法：1、農業防治。一是實行水旱輪作。透過灌水將殘留在土壤中的菌核浸泡腐爛，減少傳染源；二是處理殘株。油菜脫粒後，把莖枝葉及角果皮等進行單獨處理或放入水田漚制肥料；三是深耕滅菌。秋季深耕，春季中耕培土1-2次，可以破除、淹埋子囊盤；四是種子處理。透過篩選、風選、藥劑拌種等方法消除菌核和殺滅種子表皮病菌，播種無病種子。2、化學農藥防治。可選用多菌靈、菌克靈、菌核淨、託布津以及各種殺菌劑復配農藥在開花期，即掌握在初花期用噴霧。
主要採用水旱輪作，開溝瀝水，施好苔肥，用多菌靈噴霧幾次。
可用多菌靈或菌核淨噴霧防治。
油菜菌核病藥物防治可用菌核淨，多菌靈，百菌清等。
