菌核病主要在油菜結實期發病嚴重，要預防菌核病，應選用抗病良種進行播種，並噴施惡霜菌酯水劑或惡霜菌酯水劑進行預防。發病初期及時噴淋甲基立枯磷乳油或農利靈可溼性粉劑進行治療，可交替用藥。
防治油菜菌核病可於發病初期噴施醚菌脂，苯醚甲環唑。
油菜菌核病用苯菌靈防治最佳。
首先選擇抗病良種，發病時及時噴灑農利靈可溼性粉劑。
苯菌靈永來防治該病效果比較好。
油菜菌核病用苯菌靈防治最好。
春季油菜初花期及時用菌核淨、咪鮮胺、腐黴利噴霧預防。
油菜菌核病如發現病株應及時清除，並根據植保要求噴施40%菌核淨可溼性粉劑1000倍液、50%多菌靈可溼性粉劑500倍液等針對性藥劑防治！如加上有機硅，可以增強藥效，提高藥劑有效成分利用率，鞏固防治效果。油菜菌核病防治最佳時間是主莖開花10%時開始用藥。
油菜菌核病病菌使用菌核淨、腐黴利、使百克、萬黴靈(乙黴威)、敵力脫(丙環唑)單劑及其復配劑等效果較好，同時也應選用早熟、抗病、優質高產的油菜品種。
油菜菌核病防治方法：採取以消滅菌源，增強植株抗病能力和重點施藥保護的綜合防治方法，控制油菜菌核的發生和爲害。首先，選用抗病豐產良種，具有莖稈堅硬、抗倒伏、花期短的抗性特點，對控制或減輕油菜菌核病的危害，能起到積極的作用。其次，透過篩選、水選，以清除混雜在種子中的菌核，然後用10％的食鹽水選種，清除漂浮的菌核後，再用清水沖洗，晾乾後播種。第三適時噴藥保護，控制菌核病的發生。用藥時間爲兩個時間：一次是在11月下旬左右，第二次是在3月中下旬。藥劑可選用速克靈、多菌靈、克菌清等對口農藥在剛始花時噴治，隔7天再防治一次。
