應以農業防治和藥劑防治技術相結合才能控制其流行。
油菜菌核病預防和防治，加強監測預報，適時用藥防治。
1、農業防治。開溝排溼，降低田間溼度。及時摘除“老、黃、病”葉及主莖0.5米以下無柄葉，壓低菌源基數，帶出田外深埋，截斷病害侵染鏈，改善通風透光條件，降低養分損耗。2、化學防治。噴施50%多菌靈可溼粉500倍液或50%速克靈可溼性粉劑1500倍液或50%菌核淨（紋枯利）可溼粉500-600倍液或70%甲基硫菌靈可溼粉1000-1500倍液噴施2次，間隔7－10天。要對田間、地頭、田埂、水渠、路旁等處同樣噴施，以殺死菌核病子囊盤。
菌核病主要在油菜結實期發病嚴重，要預防菌核病，應選用抗病良種進行播種，並噴施惡霜菌酯水劑或惡霜菌酯水劑進行預防。發病初期及時噴淋甲基立枯磷乳油或農利靈可溼性粉劑進行治療，可交替用藥。
