（1）盲蝽象
氮肥施用量過大，整枝打杈少，營養生長過旺的棉田，周圍間作作物品種多或雜草多的棉田，附近有成片樹林的棉田均列爲棉盲蝽象防治的重點田塊；連續陰雨天后及時到棉田巡查，百株成若蟲達到3頭時選用氟蟲腈、毒死蜱、乙酰甲胺磷等對路農藥防治，提倡大面積統一機防。
（2）棉薊馬
移栽前被害株率達5%，移栽後被害株率達20%時，選用啶蟲脒、丁硫克百威、高含量吡蟲啉等農藥防治重點防治上部嫩葉背面和花。
（3）棉葉蟎
有蟎株率低於15%時挑治，超過15%普治。防治藥劑爲噠蟎靈、阿維菌素、炔蟎特類殺蟎劑及其復配劑。
（4）棉鈴蟲
①生物防治。小麥、油菜收穫後遲滅茬、留高茬，推遲作物離田時間，使天敵充分向棉株轉移。沿江棉區棉蚜防治推遲到7月以後施藥，以害養益，以益控害。
②化學防治。防治指標：Bt棉，二代百株低齡幼蟲15－20頭，三代百株低齡幼蟲10－15頭，四、五代百株低齡幼蟲10頭；非Bt棉，二代百株低齡幼蟲10－15頭，三代百株低齡幼蟲5－10頭，四、五代百株低齡幼蟲10頭。防治適期：Bt棉在低齡幼蟲高峯期防治，非Bt棉在卵孵高峯期防治，施藥時間以下午4點以後爲宜。用藥種類：二代選用核型多角體病毒或速效、低殘留的農藥品種（如滅多威）。三代選用擬除蟲菊酯類單劑或硫丹、辛硫磷、丙溴磷。四、五代選用有機磷、氨基甲酸酯類、擬除蟲菊酯類單劑或混配製劑輪換使用。轉Bt棉田禁止使用Bt製劑，擬除蟲菊酯類農藥僅在3、4代棉鈴蟲發生期間使用1－2次。
（5）斜紋夜蛾
防治重點時段在7月中旬－9月中旬。防治指標爲百株初孵羣集幼蟲1窩。防治適期在二齡幼蟲分散前，選用氟鈴脲、蟲酰肼、毒死蜱、辛硫磷等對路農藥在下午4時後施藥。不同作用機理農藥交替輪換使用。注意棉田外寄主如大豆、山芋等作物斜紋夜蛾的防治，減少幼蟲向棉田轉移。
（6）枯萎病
合理輪作，減少土壤中的病原菌積累，降低發病率。選擇無病土製鉢育苗，培育無病壯苗。苗牀使用惡黴靈或福美雙、敵克鬆消毒。生長期間田間初見病株時用黃腐酸鹽、移栽靈、棉花枯萎淨等灌根或噴霧，抑制病害發生。
（7）缺鉀性生理病害
採取加強田間管理，及時抗旱排澇，合理適時施肥、施足鉀肥的防治措施，根據轉基因抗蟲棉對鉀更爲敏感的特點，適當增施鉀肥，確保整個生育期鉀肥施用量在30公斤以上。當出現缺鉀症狀時，採取開溝埋施或穴施的方式每畝施用氯化鉀15公斤，同時每畝噴施磷酸二氫鉀0.5公斤左右，進行葉面噴施補鉀。
