胡蘿蔔的蟲害主要有地老虎和種蠅。地老虎以幼蟲在夜間咬食幼苗，造成缺苗斷壟。最好採用人工捕捉法，蟲量大則用毒餌法，晶體敵百蟲拌炒香的麩皮或油渣，於傍晚順利撒在蘿蔔近根部誘殺。種蠅以幼蟲危害地下部根，造成傷口容易引起細菌侵染。在成蟲發生期，于晴天中午用1份糖，1份醋，2.50份水製成糖醋液誘殺。胡蘿蔔的病害主要有白粉病和細菌性軟腐病。白粉病危害葉片和莖，發病初用農抗120水劑150-200倍液噴施。細菌性軟腐病危害地下部根，發現病株應及時拔除，帶出田外銷燬，並在病株附近撒生石灰消毒。若發病重可用50%DT可溼性粉劑500倍液噴霧，連防2-3次，間隔7-10天。
最不好防治的是蘿蔔軟腐病，防治方法同白菜軟腐病。
