一、苗病：
棉花苗病主要以立枯、炭疽、猝倒病爲主，苗期低溫、多雨、重茬、播種過早等因素是棉花苗病多發的重要原因。病害初發時，用多菌靈、代森鋅或棉枯淨噴霧防治，間隔5-7天，連噴2-3次。
二、棉蚜:
苗蚜的防治一般在5月中下旬至6月上中旬，伏蚜的防治一般在7月中下旬至8月下旬。選用烯啶蟲胺、氯噻啉、滅蚜酮、丁硫克百威、毒死蜱等藥劑交替、輪換、混合用藥，避免長期單一使用吡蟲啉、啶蟲脒而使蚜蟲抗性增強。爲增加藥劑的持效性，可加入適量滲透劑或無磷洗衣粉等助劑，也可加入乙酰甲胺磷、氧樂果等內吸殺蟲劑，以延長藥效。
三、紅蜘蛛
5月上旬開始在棉花田點片出現，此時氣溫較低繁殖速度慢，進入6月中下旬後，隨着溫度升高，在乾旱棉田繁殖速度快。防治上採用阿維菌素、噠蟎靈噴霧防治。
四、棉盲蝽
棉盲蝽主要刺吸棉株的頂芽、嫩葉、花蕾或幼鈴，棉田溼度大，利於發生。針對棉盲蝽在早晨和傍晚出來危害和具遷飛性的習性，防治時間選在上午8時前和下午6時後，防治藥劑選用甲氨基阿維菌素、馬拉硫磷等，施藥方式採用由外圍向內噴霧的防治方法。
五、棉花枯、黃萎病
棉花枯、黃萎病都屬於土傳病害，同時，還可以透過帶菌棉籽、病株殘體、灌水、農具等擴散傳播。棉花枯萎病在整個棉花生育期均可發病，高發期一般在棉花現蕾前後，即6月中下旬；棉花黃萎病一般在現蕾後纔開始發生，高發期一般在棉花花鈴期，即7月下旬至8月上旬。
防治棉花枯黃萎病選用含有絡氨銅、乙蒜素、三氯異氰脲酸或過氧水等成份的殺菌劑，間隔7-10天，連噴2-3遍。若遇有降雨偏多或持續陰雨年份，可適當增加噴藥次數。“三灌根”即對部分顯症病株在葉面噴霧的基礎上，再進行灌根防治，可有效的控制枯黃萎病的蔓延。
六、棉花爛鈴
棉花爛鈴是由多種病菌侵染爲害棉鈴引起的，主要有疫病、炭疽病、角斑病、紅腐病、紅粉病、黑果病等，8月下旬降雨天數和雨量是影響棉花爛鈴的關鍵因素。藥劑防治是綜合防治棉花爛鈴的重要措施，在爛鈴發生初期，選用多菌靈、甲霜靈•錳鋅、百菌清等對準棉株中下部的青鈴均勻噴霧，間隔5～7天，連噴2～3次。
