主要爲害甜、辣椒莖基部及維管束，病株部分枝和葉片變黃萎蔫，莖內維管束褐變，溼度大或生育後期莖基部或根莖部腐爛，有時可見粉紅色菌絲及點狀粘質物，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。此外，木賊鐮刀菌等侵染幼苗的根莖部時，也可引起種子腐爛或幼苗猝倒;串珠鐮刀菌侵染後種子發芽率下降40%左右，或形成不正常幼苗，如子葉和種皮被菌絲包被，使種皮無法脫落，子葉不能伸展;尖鐮孢菌侵染種子後，發芽率下降62%，幼苗矮化、莖部縊縮、彎曲或子葉垂萎等畸形症狀，拔出幼苗，主根變爲黃褐色，次生根壞死脫落;茄腐鐮刀菌侵染種子後，發芽率降低52%，病菌首先侵染根及根莖部，初爲水浸狀，後腐爛，致幼苗枯死或矮化。
定植後，起初病株白天枝葉萎蔫，傍晚至次晨恢復，反覆多日後整株枯死。病株的根頸部及根部皮層呈淡褐色至深褐色腐爛，極易剝離，露出暗色的木質部。病部一般僅侷限於根及根莖部。
根腐病主要危害辣椒。一、辣椒種子和幼苗受害症狀：根腐病病原侵染萌動的種子或幼苗的根莖部時，可引起種子腐爛或幼苗碎倒；病原侵染種子後，使種子發芽率下降44%-60%，或形成不正常的幼苗。二、辣椒定植後植株受害症狀：發病初期病株枝葉特別是頂部葉片稍見萎蔫，傍晚至次日早晨恢復，症狀反覆數日後，葉片全部萎蔫，但葉片仍呈綠色；病株的根莖部及根部皮層呈淡褐色及深褐色腐爛，極易剝離，露出木質部；橫切莖觀察，可見維管束變褐色，後期潮溼時可見病部長出白色至粉紅色黴層。
