辣椒根腐病以厚垣袍子，菌核或菌絲體在土壤中越冬，成爲第二年主要初侵染源，透過雨水或者灌溉水傳播蔓延，播種定植過早，氣溫低，低溫低於12℃發病重，可分爲蟲傳播，接觸傳播兩類。
以厚垣孢子、菌核或菌絲體在土壤中越冬，成爲翌年主要初侵染源，透過雨水或灌溉水進行傳播和蔓延。播種、定植過早，氣溫低，地溫低於12℃發病重。其傳播途徑隨其毒源種類不同而異，但主要可分爲蟲傳和接觸傳染兩大類。可借蟲傳的病毒主要有黃瓜花葉病毒、馬鈴薯Y病毒及苜蓿花葉病毒，其發生與螃蟲和葫馬的發生情況關係密切，特別遇高溫乾旱天氣，不僅可促進蚜蟲傳毒，還會降低寄主的抗病性。傳播辣椒病毒病的葫馬有茶黃薊馬和棕櫚薊馬。菸草花葉病毒靠接觸及傷口傳播，透過整枝打杈等農事操作傳染。此外，定植晚、連作地、低窪及缺肥地易引起該病流行。
重茬辣椒根腐病原菌在黃瓜、番茄、萵筍、菠菜、小白菜等蔬菜上均可寄生，並且隨病殘體到土壤中的大量孢子可在土壤中存活3-5年，成爲次年主要的侵染源。再加上日光溫室、大棚常年連作重茬，致使土壤中菌量不斷積累，導致辣椒根腐病嚴重發生。
根腐病在辣椒定植後始發，種植地低窪積水、田間鬱閉高溼、植株莖節受螻蛄危害傷口多、施用未充分腐熟土雜肥，會加重病情；連作地、低窪地、黏土地、植株根部受傷的田塊發病重。老大棚和連年重茬栽培的，因土壤中病菌含量不斷增加，發病加重。大棚內通氣不良，高溫高溼有利於病害發生。特別是灌水和培土後，土壤板結，根部通氣不良時，會加速病害發生。
辣椒根腐病在辣椒定植後始發，高溼條件下極易發生，早春和初夏陰雨連綿、高溫高溼、晝暖夜涼的氣候有利於發病，春季、梅雨季多雨發病嚴重；種植地低窪積水、田間鬱閉高溼、植株莖節受螻蛄危害傷口多、施用未充分腐熟土雜肥，會加重病情；連作地、低窪地、黏土地、植株根部受傷的田塊發病重。
早春和初夏陰雨連綿，晝暖夜涼的天氣有利發病，植地低窪積水，田問鬱閉高溼.莖節受蛞蝓爲害傷口多或施用未充分腐熟的土雜肥，會加重發病。
辣椒根腐病病原爲腐皮鐮孢黴，屬半知菌亞門真菌。病原菌以菌絲體和厚垣孢子在病殘體上越冬，翌年產生分生孢子，借雨水或流水傳播，從傷口侵入植株，染病植株病部不斷產生分生孢子進行再侵染。辣椒根腐病在辣椒定植後始發，高溼條件下極易發生，早春和初夏陰雨連綿、高溫高溼、晝暖夜涼的氣候有利於發病，春季、梅雨季多雨發病嚴重；種植地低窪積水、田間鬱閉高溼、植株莖節受螻蛄危害傷口多、施用未充分腐熟土雜肥，會加重病情；連作地、低窪地、黏土地、植株根部受傷的田塊發病重。
病菌喜溫暖潮溼的環境。適宜發病的溫度範圍爲10-35℃；最適發病環境，溫度爲18-28℃，相對溼度90%以上；最適感病生育期爲始花至座果期。發病潛育期5-7天。
辣椒根腐病在地勢低窪、排水不良、田間積水、連作及棚內滴水漏水、植株根部受傷的田塊發病嚴重。年度間春季多雨、梅雨期間多雨的年份發病嚴重。
如果早春至初夏遇到連續陰雨天氣且晝夜溫差大，最有利於病情發展蔓延。棚室管理時如果環境出現高溫高溼，白天過熱而夜間氣溫偏低，容易發生病害。大棚內滴水漏水地塊也容易發病嚴重。種植地塊低窪易積水，降雨後排水不及時，發病嚴重。重茬連作地塊發病嚴重。田間管理粗放，田間鬱閉情況下，極易形成高溫高溼環境，有利於發病。地下害蟲爲害傷口多或施入未充分腐熟的農家肥也利於發病。
