棉花的病害主要是枯黃萎病，蟲害主要是棉鈴蟲。
苗期：地下有地老虎、金針蟲、金龜子、螻蟻；葉片有棉蚜、棉葉蟎、煙薊馬。蕾鈴期有棉鈴蟲、紅鈴蟲等。
苗期蟲害主要有地老虎、金針蟲、金龜子、螻蛄等地下害蟲，以及棉蚜、棉葉蟎、煙薊馬等葉片害蟲，以地老虎、苗蚜危害最重。蕾鈴期害蟲主要有棉鈴蟲、紅鈴蟲、盲椿象、棉蚜、玉米螟、美洲斑潛蠅、棉薊馬、造橋蟲、金剛鑽、象鼻蟲、煙粉蝨、棉薊馬、甜菜夜蛾、斜紋夜蛾等。近年在抗蟲棉區盲椿象和棉薊馬的危害逐年加重，已上升演替爲繼棉鈴蟲後棉花蕾鈴期的頭等害蟲。
種植棉花需要防治主要的病蟲害是棉鈴蟲、金龜子、蚜蟲、地老虎、紅鈴蟲等。
