桉樹主要病蟲害有：青枯病、焦枯病（俗稱落葉病）、桉苗莖腐病、桉小卷蛾、白蟻、金龜子等。
（一）、青枯病：桉樹青枯病菌侵染林間幼樹，其地上部的表現可分兩種類型。第一種爲急性型，病株葉片急速失水萎蔫，葉懸掛於枝條上不脫落，呈現典型的“青枯”症狀。此類型病株，從發病到整株枯死所需的時間較短，一般僅2－3周。第二種爲慢性型，病株表現發育不良、矮小、下部葉片先變成紫紅色，後逐漸加深並向上發展，最後葉片乾枯脫落。部分莖幹和側枝出現不規則黑褐壞死斑，嚴重時整株枯死。這一類型從植株發病到整株枯死所需的時間較長，一般爲3－6個月。桉樹青枯病高溫、高溼容流行，根頸損傷、地表徑流、株間連根是病菌侵入、傳播的主要途徑。
防治措施：選用抗病的品系；做好苗木出圃檢疫，儘量避免帶病上山；而且儘量不要在容易帶有青枯極毛桿菌的林地（種植過花生、菸草、馬鈴薯、番茄、桑、木棉、木麻黃和美人蕉等植物的土壤）上營造桉樹林；不要施放未腐熟的有機肥；加強撫育管理，提高林木抗病能力。植株發病後還沒有確切有效的防治方法，一經發現,只能立即連根拔除,株穴土壤撒石灰消毒,銷燬病株。
（二）、焦枯病（俗稱落葉病）：該病是在高溫高溼條件下引發的病害，可使桉樹枯枝落葉，嚴重時可致死，尤其是尾葉桉及其無性系在遇到連續六、七天以上高溫陰雨天氣，一些地勢低窪、排水不良、造林密度大、林內通透性差的地方容易發病。
防治措施：選擇排水良好的土地造林，低窪地要搞好排水溝，種植密度要適當，不宜太密。
（三）、桉苗莖腐病：是一種桉樹苗期病害，發病時苗木莖部腐爛，逐漸枯死。
防治措施：苗期或苗木出圃前採用百菌清或百菌靈或波爾多液等用水稀到使用濃度後噴灑苗木。
（四）、桉小卷蛾（俗你卷葉蟲）：每年4—8月爲害桉樹幼樹嫩葉，損害嫩梢及頂芽，可致小樹枯頂，影響生長。
防治措施：
1、人工捏殺。看到幼樹嫩葉有卷葉處，用手把卷葉內的幼蟲捏死。
2、農藥噴殺。用敵百蟲600倍液加少量煤油或樂果1000倍液或菊脂類（按使用濃度）噴殺。
（五）、白蟻：主要爲害桉樹樹幹皮部，嚴重影響林木生長。
防治措施：
1、誘殺。用蔗渣、食糖等埋入土中，引誘白蟻集中後用農藥毒殺；
2、藥物驅殺。用廣東省林科院生產的綠僵菌驅殺，效果很好。用法是把綠僵菌按使用說明配成藥液，將造林苗木浸入藥液中，隨即拿起上山造林，可有效防治白蟻；
3、內吸毒殺。在幼樹周圍的土壤中施放呋喃丹，可毒殺白蟻。呋喃丹可單獨放，也可與其它基肥一併施放。
（六）、金龜子：幼蟲（俗稱雞乸蟲）爲害幼樹根部，特別是一些甘蔗地、番薯地等熟地造林幼蟲較多，爲害較重。成蟲爲害幼樹樹葉。
防治措施：
1、造林時，每畝用4—5市斤敵百蟲粉（或特丁膦2.5市斤）均勻撒植穴內，可驅殺龜子幼蟲。
2、用農藥敵百蟲、甲胺磷稀釋成600—800倍液噴在葉面，可有效毒殺成蟲。
