沼肥是一種緩速兼優的好肥料，可增強作物抗旱、防凍能力，提高秧苗的成活率。由於人畜糞便及秸稈經過密閉發酵後，在產生沼氣的同時，還產生一定量的沼肥，施用沼肥不但節省化肥、農藥的噴施量，也有利於生產綠色食品，但施用沼肥要注意以下五點：
一忌出池後立即施用。沼肥的還原性強，出池後的沼肥立即施用，它會與作物爭奪土壤中的氧氣，影響種子發芽和根系發育，導致作物葉片發黃、凋萎。因此，沼肥出池後，一般先在儲糞池中存放5－7天后施用；沼渣與磷肥按10：1的比例混合堆漚5－7天后施用，效果更佳。
二忌不兌水直接追施沼肥。不兌水直接施在作物上，尤其是用來追施幼苗，會使作物出現灼傷現象。沼肥作追肥時，要先兌水，一般兌水量爲沼液的一半。
三忌表土撒施沼肥。施於旱地作物宜採用穴施、溝施，然後蓋土；施用於水田應在耖坯前均勻撒施田面，然後犁翻入底層。
四忌過量施用。施用沼肥的量不能太多，一般要比施用普通豬糞肥少。若盲目大量施用，會導致作物徒長，行間廕庇，造成減產。
五忌與草木灰、石灰等鹼性肥料混施。草木灰、石灰等鹼性較強，與沼肥混合，會造成氮肥的損失，降低肥效。
