治療牛胃腸炎之前一定要查明病因，治療時要以清理腸道、保護胃腸粘膜爲主，可以抑制胃腸道內容物發酵，從根本上維護心臟機能、解除中毒，同時還要預防牛出現脫水、增強病牛的抗病能力。治療牛胃腸炎時可以給牛灌服一定量的植物油、人工鹽、酒精等，服用幾個小時之後可以將有毒物質和毒素排出體外。在蓄糞臭味不大並基本排出時，可內服0.1％高錳酸鉀2000～3000mL，每日1～2次。爲了避免炎症繼續發展需要使用抗菌藥物，抗菌藥物可以採用肌肉豬肉注射的方式。另外也可以選擇中藥治療牛胃腸炎，比較常見的有白頭翁散，白頭翁散主要是用於牲畜類胃腸道疾病，可以起到調理腸道的作用。主要是用於犢牛腹瀉、傳染性胃腸炎、流行性腹瀉及各類家畜的腸炎、腹瀉等症。
用0.1-0.2%高錳酸鉀溶液，每次用藥4-5克，每天灌服1次，連用2天。方二：用3-5%晶體明礬，每次用700-1600毫升灌服。方三：用磺胺脒20-30克、痢菌淨粉50-100克(含量2%)一次灌服。方四：用5%葡萄糖生理鹽水，或複方氯化鈉溶液700-1500毫升，加安鈉咖、維生素c或碳酸氫鈉靜脈注射。方五：因長期瀉痢造成脫水者，可用補液鹽100-150克對水，讓牛自由飲用。
