該病是透過花器侵染的系統性病害，種子帶菌是唯一的傳播途徑。潛伏在種子內的菌絲隨小麥一起萌發，隨植株生長，侵入穗原基，孕穗期在小穗內迅速生長，破壞花器，產生厚垣孢子。揚花期薄膜破裂散出厚垣孢子(黑粉)，隨風傳播到健株花器柱頭上，侵入子房，最後潛伏在種子胚中，造成種子內部帶菌。當年發病程度與種子帶菌率密切相關，小麥揚花期連續風雨天氣，溼度大有利於病害的傳播侵染。
小麥腥黑穗病是苗期侵染的單循環系統侵染的病害，小麥播種後發芽時，厚垣孢子也開始萌發，從芽鞘侵入麥苗併到達生長點。
小麥黑穗病主要靠混雜在種子、土壤和病殘體中的病或孢子擴散傳播，成爲病害初次侵染來源凡是推遲小麥出苗和降低抗逆性的所有因素，均能加重小麥腥黒穗病的發生，如土溫、墒情、通氣條件、播種質量、播種深度等。冬小麥遲播或春小麥早播、播種過深、覆土過厚、地下害蟲爲害重的麥田小麥腥黑穗病發病重；高山發病重，丘陵區次之，川區最輕；陰坡發病重陽坡發病輕；土壤過幹過溼小麥腥黑穗病發病輕。小麥開花期氣候條件是影響小麥散黑穗病發生的重要因素。風有利於病菌孢子的飛散和傳播，大雨易將孢子淋落而失去散落在花器上的機會，空氣過於乾燥不利於孢子萌發。小麥抽穗揚花期間，田間氣溫適於病菌萌發和侵入，故溼度就成爲發病的主導因素。
小麥腥黑穗病是苗期侵染的單循環系統侵染的病害，小麥播種後發芽時，厚垣孢子也開始萌發，從芽鞘侵入麥苗併到達生長點。病菌在小麥植株體內以菌絲體形態隨着麥株的生長而生長，以後侵入開始分化的幼穗，破壞穗部的正常發育，至抽穗時在麥粒內又形成厚垣孢子。該病的病原傳播一般以種子帶菌傳播爲主，糞肥、土壤、工具帶菌傳播爲輔。帶病種子播種後將引起下一年小麥發病。
病菌以厚垣孢子附在種子外表或混入糞肥、土壤中越冬或越夏。當種子發芽時，厚垣孢子也隨即萌發，厚垣孢子先產生先菌絲，其頂端生6—8個線狀擔孢子，不同性別擔孢子在先菌絲上呈“H”狀結合，然後萌發爲較細的雙核侵染線。
