如果在同一塊田地連續多年種植同一種或同一科作物會不同程度的引起產量下降、品質變劣、病蟲害滋生、生育狀況變差等現象，此現象有專業稱之爲連作障礙。連作危害在蔬菜栽培上最爲常見，也最難剋制。究其原因是多方面的，主要有以下四大因素：
一、作物自毒作用。某些作物可透過地上部分淋溶、根系分泌和作物殘茬腐解等途徑釋放一些物質，對同茬或下茬或同科作物生長髮育產生抑制作用，這種現象叫自毒作用。
二、土壤有益微生物減少、有害微生物增加。由於連作，形成了特殊的土壤環境，使固氮菌、根瘤菌、光合菌、放線菌、硝化菌、氨化細菌、菌根真菌等有益微生物的生長繁殖受到抑制，而有害微生物大量滋生，土壤就會發生變化。
三、土壤性質變壞，次生鹽漬化及土壤酸化嚴重。爲了片面的追求高產，大量施入高含量的化學肥料和未經腐熟的動物糞便、人尿糞等，導致土壤中鹽分過量。
四、線蟲危害。線蟲是作物寄生蟲，主要破壞作物的根系，影響其正常生長，而且防治難度大。
農作物連作危害的防治：
一、施肥：測土配方，平衡施肥，調節營養，以有機肥爲主，有機肥和無機肥相結合。
二、管理：輪作間作，優種嫁接。
三、栽培：土壤消毒，藥治菌補。
