龍眼亦是多年生果樹，病蟲種類衆多，但大部分可爲害荔枝，主要有荔枝蝽象、蛀蒂蟲、尖細蛾、尺蠖、多種卷葉蟲、癭蟎、介殼蟲等，增加了角頰木蝨及病害方面的鬼帚病，葉斑病等。在病蟲害的綜合防治方面，亦應提倡農業防治、生物防治和化學防治相結合的措施。具體如下：
1.加強植物檢疫，防止當地未發現的新病蟲害傳入近年來，許多地區大量發展龍眼種子、苗木和接穗調運頻繁，一些剛種植龍眼的新區，要加強檢疫，防止龍眼鬼帚病等傳人。
2.以農業防治爲基礎結合疏花、疏果等作業，剪除鬼帚病和其他病蟲的枝條病穗，取離果園，集中燒燬。清除地面枯枝殘葉要從建園開始，加強栽培管理，龍眼是個極需肥作物，亦需要水分，因此，瘦瘠土地不宜種植龍眼，要施足基肥，合理施用氮、磷、鉀等肥料，凡是肥水充足果園，鬼帚病和角頰木蝨發生均較少。
3.大力推廣生物防治，保護天敵有條件或樹冠高大的龍眼園，儘可能釋放平腹小蜂防治荔枝蝽象，保護好捕食性天敵如瓢蟲、草蛉、螳螂和鳥類，以發揮多種自然天敵控制多種害蟲作用。
4.化學防治儘可能用高效、低毒、低殘毒農藥，在蟲害和病害同時發生，可用防蟲防病藥一齊混合噴霧，儘量不要用甲胺磷等高毒高殘留農藥。
龍眼病蟲害綜合防治，國內系統研究較少，有待於逐步完善。
