施用化肥時要注意根據土壤、作物的缺肥情況來定，缺什麼補什麼。底肥、追肥等不同情況，施肥的種類與使用量、濃度等也不同，需要種植戶根據情況合理使用。少用化肥可以防止土壤的繼續污染，是從源頭解決土壤改良難題的根本方法。
加大有機肥投入量
有機肥可以爲土壤補充豐富的有機質以及養分。
1.有機肥要經過徹底腐熟才能殺死原材料中的蟲卵、病菌等，未經腐熟的農家肥不宜使用。
2.要選用正規廠家的有機肥，或者採用自主發酵有機肥，防止不良廠家使用重金屬等物質超標的原料生產有機肥。
3.自主發酵有機肥時要注意發酵原料的無害，含有重金屬、殘留的原材料不適合發酵有機肥，容易對土壤造成二次污染。
補充微生物菌劑
微生物透過代謝過程中氧氣和二氧化碳的交換以及分泌的有機酸等酸性物質，促進土壤中微量元素的釋放及螯合，有效打破土壤板結，促進團粒結構的形成，並能改善土壤的通氣狀況，促進有機質和腐殖質的生成。
其次，微生物能夠活化土壤有機與無機養分，分解有機物，釋放養分，增加養分的有效性。
再者微生物在其繁殖和代謝過程中，可以降解土壤中殘留的化肥、有機農藥、重金屬和其他污染物等，把他們分解成低害甚至無害的物質，降低土壤污染的程度。
增施土壤調理劑
隨着土壤酸化、次生鹽漬化等各種問題的發生，尤其是在經濟效益高的大棚蔬菜和果樹區，種植戶被土壤問題困擾更重，近幾年土壤調理劑在這些區域也開始升溫，土壤調理劑對於土壤主要有疏鬆土壤、改善土壤團粒結構、保水保肥，緩解土壤酸化、鹽鹼化等方面的作用。
