在草菇生產過程中，常可見到成片的小草菇萎蔫死亡。究其原因，主要有以下幾種：
1．通風不良草菇屬高溫好氧性真菌，菇農爲了提高棚內溫度，往往延長覆蓋時間，致使棚內二氧化碳積累過多致使小草菇缺氧而死。但通風量太大，水分容易散失，也不利於草菇的生長。爲解決這一矛盾，應在播種後的4天內，每天上午10點左右通風半小時，隨着菌絲量的增多及針頭菇的大量出現，通風時間要逐漸延長到每天2小時。
2．氣溫驟變草菇屬恆溫結實型食用菌。菌絲生長的適宜溫度爲30℃-39℃，低於15℃或高於42℃停止生長。子實體生長溫度範圍爲28℃-33℃，20℃以下的低溫或45℃以上的高溫都會使小菇蕾萎蔫死亡。因此氣溫低時要採取雙層覆膜等措施保溫，盛夏酷暑要注意噴水並搭棚遮陰降溫，儘量減小菇房內的溫差。
3．溼度不宜水分是影響草菇生長的重要因素。水分不足，菌絲體生長緩慢，子實體乾枯死亡；水分過多，則會使菇牀通風不良，造成大量爛菇、死菇。因此要掌握適宜的溼度，一般培養料的最適含水量爲70%，菌絲體生長期空氣相對溼度爲80%，子實體生長階段空氣相對溼度保持在90%較爲適宜。
4．水溫不適草菇生長不僅需要大量的水，且對水溫有嚴格的要求，如噴灑低於23℃的水或40%以上的水，第2天幼菇就會全部萎蔫。因此噴水要在早晚進行，水溫以30℃左右爲好。
5．環境偏酸草菇喜偏鹼性的生長環境，當培養料偏酸時(pH值6．5以下)，就難以長成菇且易受到雜菌的侵染。故配料時加入的石灰量要達到5%，每採完潮菇後要噴1%的石灰水或4%的草木灰水，提高pH值。
6．採摘粗心採摘時，不要碰摸正在生長的幼菇，如草菇密集叢生，要等到大部分草菇符合標準時一起採下。正確的採摘方法是：一手按住草菇的生長部位，另一隻手將成熟草菇扭轉提起，減少對幼小草菇的損傷。
7．病蟲蔓延栽培管理不當，會導致病蟲害大量發生。培養料含氮量過高時，鬼傘大量出現，和草菇爭奪培養料中的養分，造成草菇死亡，所以配料時要控制含氮量。用玉米芯、麥秸、稻草作主料時，應添加5%麩皮或4%發酵腐熟的畜禽糞。用含氮豐富的棉子殼作主料時，可不加氮源，但要注意控制蟎蟲危害。蟎蟲發生後培養料內的菌絲很快被吃光，牀面幼菇大量死亡，在拌料時噴灑800倍液的敵敵畏或敵百蟲，防治效果較好。當料面上出現黴菌時，在污染區撒一層生石灰粉，同時加強通風降溼，抑制雜菌蔓延，保證草菇生長。
