微生物肥料是指含有活微生物的特定製品。將它應用到農業生產中，能夠獲得特定的肥料供應。他和微肥有本質的區別，前者是活的生命，後者是礦質元素。
微生物肥料可以概括爲三大類：一類是透過微生物的生命活動，增加植物營養元素的供應量，導致植物營養狀況的改善。微生物的生命在土壤中和有害微生物相互拮抗，還能產生抗病、防病乃至治蟲的作用，用量多少在每畝2公斤左右。這一類有代表性的產品有根瘤菌、固氮菌、解磷菌和硅酸鹽菌(鉀菌)。另一類是微生物的代謝物質，如氨基酸、黃植酸等，將它和礦質微量元素加以配合，製成液態或固態的產品，達到刺激作物生長或抗禦病蟲害的作用。再一類是藉助微生物腐解有機質的功能。例如發酵或酵素菌，加速農家肥或秸稈的腐爛，達到增加土壤腐殖質的作用。這一類多家如等量的化學肥料，以保證作物對營養的需求。市場上叫多元有機肥。比如“EM”有益菌羣。每畝用量多在1000公斤以上。
微生物肥料可用於拌種、浸種、蘸根、做底肥、追肥，溝施或穴施。但以拌種最爲簡便、經濟、有效。其拌種方法是將固體菌肥加清水調至糊狀或液體菌劑加清水稀釋，然後與種子充分攪拌，稍晾乾後播種，並立即覆土。有的菌肥也可以和化肥同時拌用作底肥。
微生物肥料是生物活性肥料，因此有特定的施肥要求。一是避免開袋後長期不用，開袋後長期不用，其他菌就可能侵入袋內，使微生物菌羣發生改變，影響其使用效果。二是避免在高溫乾旱條件下使用。在高溫乾旱條件下，生存和繁殖就會受到影響，不能發揮良好的作用。應選擇陰天或晴天的傍晚使用這類肥料，並結合蓋土蓋糞澆水等措施，避免微生物肥料受陽光直射或因水分不足而難以發揮作用。三是避免與未腐熟的農家肥混用。這類肥料與未腐熟的有機肥堆漚或混用，會因高溫殺死微生物，影響微生物肥料的發揮。同時也要注意避免與過酸過鹼的肥料混合使用。四是避免與農藥同時使用。化學農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。若需要使用農藥，也應將使用時間錯開。不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的種子拌微生物肥料使用。
