草菇木黴以預防爲主，主要透過創造不適合木黴繁殖的環境來控制木黴發生。
環境把控：當發生草菇感染木黴時，及時降低菇房溫度，保持通風。
藥液注射：如果是發菌期間感染木黴，可注射5%石碳酸溶液、2%甲醛溶液或50%多菌靈200倍液進行防治，也可於感染處撒施一層石灰，阻止木黴蔓延開來。
一、草菇木黴防治方法
1、目前至今沒有研究出能根治草菇木黴的方式，常用的殺菌藥物只能起到抑制的作用，沒有殺死它的可能，即使加大藥劑，也只會把草菇菌絲殺死，所以以預防爲主。創造適合草菇菌絲生長而不利於木黴繁殖的生態環境，是控制危害的根本措施。
2、發現有草菇感染後，要及時降低菇房溫度，保持通風，能有效的控制木黴擴散。
3、如果是在發菌時感染木黴，可以採取注射藥液的方法抑制木黴擴張，常用的藥劑有5%的石碳酸、2%的甲醛、1:200倍的50%多菌靈，或者在感染處撒一層石灰，控制它的蔓延。
二、草菇木黴的發病症狀
1、草菇在感染上木黴後會生長出白色的棉絮狀物，會抑制菌絲的生長，後期白色棉絮狀物會變爲綠色，草菇一旦被木黴危害，基本就救。
2、如果只是輕度的感染也不可保留下來，必須立刻清除。
三、草菇木黴的發病規律
1、木黴俗稱綠黴，它屬於半知菌亞門，叢梗孢目，木黴屬，它具有較強的纖維素分解能力，在木質素、纖維素的基質上生長較快，比較容易繁殖木黴菌可以在中午根際繁殖透過佔據空間和營養控制有害真菌。
2、還能提高分泌抗生物質抑制有害真菌的增殖達到防治病害的效果。
