如果使用不當，魚缸淨水劑會對觀賞魚類造成危害。
魚缸淨水劑中的主要成分爲聚合氯化鋁、聚氯化鋁鐵、硫酸鋁、硫酸亞鐵，其中硫酸鋁、硫酸亞鐵對於魚眼睛表皮黏膜有刺激傷害作用。
鋁離子跟三價鐵爲有毒物質，並且聚合劑具有膠體的性質，有可能會引起堵鰓現象。
一、魚缸淨水劑的成分
魚缸淨水劑的主要成分包括有聚合氯化鋁、聚氯化鋁鐵、硫酸鋁、硫酸亞鐵等（作絮凝劑、沉澱劑使用），在魚缸中可以將水中的雜質凝聚起來並沉澱、沉底，同時還可以將水中的氯和以及重金屬等物質沉澱出來，從而被過濾棉濾除，達到改善水體水質的目的。
二、魚缸淨水劑的不良影響
淨水劑中的硫酸鋁、硫酸亞鐵對於魚的眼睛表皮黏膜有刺激傷害作用，而鋁離子跟三價鐵屬於有毒物質，並且上述聚合劑具有膠體的性質，有可能會凝集在觀賞魚類的魚鰓中，從而引起堵鰓現象發生，對魚類產生較大危害。
三、魚缸淨水劑的使用
1、魚缸淨水劑在使用時，一定要嚴格按照說明書使用，不能爲了淨水效果而過量使用。
2、若非必要，不建議在魚缸中使用淨水劑。一般在蓄水箱中滴入淨水劑後靜置，等水體雜質沉澱到底部後取上層水用，而下層有沉澱的水倒掉不用。
3、如果是水草魚缸，不建議使用淨水劑，因爲淨水劑產生的絮團有一定吸附性，容易粘附在水草上。
4、魚缸使用淨水劑後，雜質大多被過濾棉所吸附，此時應及時清理過濾棉。
