冬季低溫潮溼的環境有利於很多病原微生物的增殖，容易導致疫病的發生。因此做好消毒措施，消滅外界環境中的病原微生物，斬斷疫病的傳播途徑，也是冬季豬舍環境控制中的重要一環。
1、豬舍消毒：冬季豬舍環境密閉，灰塵、有害氣體等各種污染物懸浮在空氣中，適於病原微生物的滋生，容易引起疫病的發生。因而，要加強豬舍的定期消毒，及時消滅豬舍中的病原微生菌。具體在進行消毒前，要先清理豬舍內糞尿，可選擇過硫酸氫鉀複合物、二氧化氯、百毒殺等無刺激性氣味的消毒藥物。
2、環境消毒與進場控制：目的在於保證場內的大小路徑、交通要道和圈前圈後的生物安全。可利用0.2%--0.3%的過氧乙酸或2%的火鹼進行高壓噴霧消毒，一般情況下消毒頻率設定在2次／月。爲了保證全場的生物安全，還要注意進場的控制。要儘量減少場外人員進入生產區，物品、人員的進出必須採取消毒措施。在規模較小的豬場，要杜絕獸藥、飼料推銷員、豬販等直接進入豬舍。
3、消毒池消毒：場內的各種消毒池使用2%－3%的火鹼，每過3－4天更換1次，要注意保持池內消毒液處於適理水平。此外，爲了預防種豬羣的蹄病，池內還可用1：80的消毒威，亦可二者交互使用。
