混用有講究生物菌肥最好是與經過充分腐熟的有機肥混合使用，其效果要遠好於單獨施用有機肥或生物菌肥。生物菌肥不宜與化肥直接混合使用，尤其要注意不應將菌肥與含硫的化肥及草木灰混合用，因為這樣的肥料容易殺死菌肥裏的有益菌。
在對温室大棚裏的土壤或蔬菜育苗用營養土消毒後，至少需要經過10-15天，才可以施用生物菌肥，切記不可施用生物菌肥後再進行土壤消毒。不應同時施用菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑。一般在施菌肥48小時後再用殺菌劑，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。
對土壤有要求生物菌肥的使用效果和土壤狀況有關。土壤太旱或太濕都不利於生物菌肥繁殖，適宜的土壤濕度為60%左右。如果在水田使用，最好於清晨或傍晚採用噴施的方法。
陽光條件也重要生物菌肥對陽光中的紫外線十分敏感，存放或使用時儘量避免強光直接照射，一般不採用地表撒施，可以在陰天或清晨、傍晚在土壤中施用。噴霧時只要在植物的葉片背面均勻噴布即可。
