芸豆病害主要有根腐病、炭疽病、葉斑病、菌核病、灰黴病、鏽病等。芸豆最不耐藥，用藥量稍微過大就易發生藥害。對芸豆比較安全的藥有百菌清、多菌靈、甲基託布津、速克靈、撲海因、百乙黴威、溴菌晴、乙醚酚、代森鋅、高效氯氰菊酯、異丙威等。對芸豆非常敏感的藥有菌核淨、施保功、咪醯胺、炭疽福美、防毒礬、代森錳鋅、辛硫磷、毒死蜱、敵敵畏等。用藥上要十分謹慎。
①根腐病、莖基腐病。主要苗期發病，整個生育期都有發病，防治措施同1.5緩苗期管理的介紹。
②炭疽病。主要苗期發病，危害葉片、根莖、莢果。低溫高溼適宜發病，一旦蔓延，危害相當嚴重。整個生育期都有發病，近幾年呈加重發生趨勢。防治措施同1.6幼苗期管理的介。
③葉斑病。主要是輪紋病，危害葉片，甩蔓期開始發生，不及時防治會導致葉片脫落。防治藥劑可用百菌清600倍+甲基託布津600倍、或代森鋅600倍+甲基託布津600倍，連噴2-3次，效果較好。
④菌核病、灰黴病。甩蔓期就有發生，開花結莢期更加嚴重。菌核病、灰黴病防治方法：A：開花坐果後及時摘除凋謝的殘花，可有效控制菌核病、灰黴病的初侵染。因為凋敗的殘花是灰黴病菌的初侵染主要部位。總結為及時摘除殘花。B：調控環境，菌核病、灰黴病菌喜歡低溫高溼的環境，通過溫溼調控，創造一個不利於灰黴病菌生長而有利於植物生長的環境是防治菌核病、灰黴病的關鍵。澆水後易引起病害的大發生，爛果嚴重，所以要先噴藥，第二天再澆水。噴藥的重點是花和果，並且澆水最好在晴天上午，澆完後立即閉棚提溫，高溫悶一小時後再放風。C：噴、薰結合綜合防治，菌核病、灰黴病病菌孢子量大，噴霧難以全面殺死病菌孢子，在連續陰雨天氣下，噴藥不僅效果差，而且易加大棚內溼度，更不利於防病。用煙霧劑殺菌全面，也不會加大棚內溼度。陰雨天時用煙霧劑薰施，晴天時噴藥防治。防治效果才會好。可選用速克靈、百乙黴威、甲基託布津、菌核淨、嘧黴胺輪換噴藥防治；煙霧劑可選用愛地森冷煙2號或3號。
⑤鏽病。收穫後期始見發生，可用乙醚酚、三唑酮、氟矽唑、苯醚甲環唑等防治。
